«Черные дыры» в Российском законодательстве

Нужно ли платить ндфл 13%от продажи квартиры?
1. Квартира приобретена по договору инвестирования жил.строительства от 24.03.2004 за 700т.р.
2. Акт приема передач квартиры от 06.05.2004 где прописано, что застройщик передает в собственность квартиру.
3. Свидетельство о рег права т.е. зеленка от 20.07.2005г.
В 2005была подана декларация на имущестенный вычет за 2004 и НДФЛ возвращен в полном объеме.
10.10.2007 квартира продана за 2100т.р. ИФНС начисляет 143т.р (1100т.р*13%) ссылаясь на письмо Минфина от16.01.2008 №ВЕ-9-04/2 "О порядке налогообложения дохода физлица", ГК ст.219, ФЗ №122 от 21.07.1997 "О госрегистрации права."
В НК п.1 ст. 220 указано "..находившихся в собственности налогоплательщика три года и более", конкретно не указано с момента госрегистрации права и не указан документ подтверждающий право собстенности, в таком случае почему нельзя вести отсчет трем годам с Акта приема передачи ведь в 2005 они сами брали во внимание только Акт п/п т. к. еще зеленки не было и возвращалиНДФЛ за 2004год ? Не противоречат ли ИФНС сами себе?